Trước tình hình dịch bùng phát mạnh trong cộng đồng, thành phố đã áp dụng biện pháp giãn cách xã hội trên toàn thành phố theo Chỉ thị 15, đặc biệt tại quận Gò Vấp và phường Thạnh Lộc quận 12 áp dụng theo Chỉ thị 16 và phong tỏa những khu vực ổ dịch.
Đối với quận Gò Vấp, trong những ngày đầu giãn cách xã hội, số ca phát hiện trong cộng đồng hàng ngày còn cao, có lúc lên đến 08 ca/ngày, tuy nhiên trong 05 ngày gần đây đã giảm mạnh, chỉ còn 2-3 ca ngày, thậm chí có ngày không phát hiện ca bệnh trong cộng đồng. Mặc dù còn ghi nhận ca bệnh trong cộng đồng nhưng đều nằm trong khu vực đã được khoanh vùng, phong tỏa nên không có khả năng lây lan rộng. Điều này cho thấy các ổ dịch lớn trên địa bàn quận Gò Vấp đã được kiểm soát, khống chế sự lây nhiễm.
Đối với toàn Thành phố, trong 1 tuần đầu thực hiện giãn cách, số ca phát hiện có xu hướng giảm, chủ yếu là các bệnh từ chuỗi Nhóm truyền giáo Phục Hưng. Tuy nhiên vào tuần thứ hai giãn cách từ ngày 03/6 đến 12/6, phát hiện thêm 310 ca thuộc các chuỗi lây nhiễm mới trong cộng đồng, phát hiện từ việc khám sàng lọc các bệnh nhân có triệu chứng đến khám tại bệnh viện và khi điều tra truy vết đã phát hiện những chùm ca bệnh với số ca mắc bệnh lớn đã lây lan trong cộng đồng.
Từ những ca chỉ điểm đến sàng lọc tại các bệnh viện, qua điều tra truy vết thành phố đã phát hiện các chuỗi lây nhiễm ra cộng đồng gồm: Chuỗi lây nhiễm tại Khu dân cư E Home3, Quận Bình Tân; Chuỗi lây nhiễm bệnh viện Bệnh Nhiệt Đới; Chuỗi lây nhiễm Xưởng Cơ khí Hóc Môn; Chuỗi lây nhiễm tại đường số 11, phường Hiệp Bình Phước, Thủ Đức; Chu;ỗi lây nhiễm tại ấp Tân Thới 2, Tân Hiệp, Hóc Môn; Chuỗi lây nhiễm Tân Thới 3, Tân Hiệp, Hóc Môn.
Đặc điểm lớn nhất của các chuỗi lây nhiễm trong đợt dịch này là chủng vi rút Delta gây lây nhiễm mạnh trong gia đình, hàng xóm, nơi làm việc (đăc biệt là các tòa nhà văn phòng). Sự lây nhiễm từ gia đình vào nơi làm việc và từ nơi làm việc về nhà đã làm cho dịch lan tỏa rất nhanh và rộng tại thành phố.Các ổ dịch cộng đồng lớn tại thành phố ghi nhận chủ yếu tại các khu nhà trọ, cụm dân cư tại các quận huyện vùng ven và khu vực nông thôn đô thị hó a. Đã ghi nhận các bệnh nhân làm việc trong các khu công nghiệp, bệnh nhân là nhân viên y tế, nhân viên văn phòng.
Trong thời gian tới Thành phố sẽ tiếp tục điều tra, truy vết, khoanh vùng dập dịch đối với các ổ dịch đang có dấu hiệu lây lan. Kiểm soát chặt các khu vực phong tỏa và các khu cách ly; Tăng cường kiểm soát lây nhiễm trong bệnh viện và phòng chống lây nhiễm chéo trong khu cách ly tập trung; Triển khai tầm soát đối với các trường hợp có triệu chứng nghi ngờ mắc COVID-19 không chỉ tại bệnh viện mà còn ở cộng đồng.
Để kiểm soát dịch bệnh, Sở Y tế Thành phố đề xuất sẽ tiếp tục thực hiện giãn cách xã hội toàn thành phố tiếp tục thêm 14 ngày kể từ ngày 15/6 theo các nội dung của chỉ thị 15 (kể cả quận Gò Vấp và Phường Thạnh Lộc, quận 12). Theo phân tích, mầm bệnh vẫn đang âm thầm trong cộng đồng, việc gỡ bỏ giãn cách sẽ tạo điều kiện cho mầm bệnh tiếp tục có cơ hội lớn để phát tán và lây lan. Thời gian 2 tuần bằng với thời kỳ ủ bệnh, do đó áp dụng giãn cách trong khoảng thời gian này sẽ hạn chế khả năng lây nhiễm của vi rút SARS-CoV-2.